Εκτός από το Αρχαιολογικό Μουσείο Βαθέως στην Ιθάκη, υπάρχει και μια δεύτερη αρχαιολογική συλλογή, του Σταυρού Ιθάκης. Η συγκεκριμένη συλλογή διαθέτει ευρήματα από την ευρύτερη περιοχή του χωριού Σταυρός. Το μικρό κτήριο που στεγάζει την συλλογή χτίστηκε το 1930 ενώ το 1998 ανακαινίσθηκε και επανεκτέθηκε η συλλογή. Τα ευρήματα που φυλάσσονται στο μουσείο χρονολογούνται από την πρώιμη Εποχή του Χαλκού (3η χιλιετία π.Χ.) μέχρι και τη Ρωμαϊκή περίοδο. Προέρχονται από τέσσερις θέσεις: το λόφο των Πηλικάτων, όπου βρίσκεται και το κτήριο της συλλογής, το χωριό του Σταυρού, το σπήλαιο Λοΐζου και τις Τρείς Λαγκάδες. Πιο συγκεκριμένα, από τον οικισμό της πρώιμης Εποχής του Χαλκού στα Πηλικάτα, φιλοξενούνται πήλινα αγγεία και λίθινα εργαλεία, από το μυκηναϊκό οικισμό των Τριών Λαγκάδων φιλοξενούνται πήλινα αγγεία και από το χωριό του Σταυρού παρουσιάζονται κτερίσματα κλασικών και ελληνιστικών τάφων. Στο σπήλαιο Λοΐζου έχουν ανακαλυφθεί ευρήματα από τη Μυκηναϊκή μέχρι και τη Ρωμαϊκή περίοδο. Τα ευρήματα είναι αρκετά, αυτά όμως που εντυπωσιάζουν είναι τα θραύσματα των χάλκινων γεωμετρικών τριπόδων με την περίτεχνη διακόσμηση, όπως και ένα θραύσμα ελληνιστικής μάσκας, πάνω στο οποίο είναι χαραγμένη η επιγραφή «ΕΥΧΗΝ ΟΔΥΣΣΕΙ». Η αναφορά στον Οδυσσέα αποτελεί μαρτυρία λατρείας του στο σπήλαιο Λοΐζου και κατ’ επέκταση στην Ιθάκη.